明太祖朱元璋历行“茶马政策”，于洪武二十四年(公元1391年)下诏“废团茶，兴叶茶”，促进了炒青绿茶的发展。但云南地处边垂，未经中原统治，并未受其影响。

至明末清初，西南各省屡遭兵燹战乱，清人挥兵南下平定三藩之乱后，重建统治秩序，恢复和发展原有的农业生产，又一次带来中原先进的制(炒)茶技术。

公元1644年清朝建立后，云南各地先后收归清政府统治，雍正四年(公元1726年)，清政府指派的云南总督鄂尔泰在云南推行“改土归流”政策,雍正七年(公元1729年)设置普洱府治于宁洱，列普洱茶为贡茶，献于皇室，使普洱茶进入了一个历史上的辉煌时期。

清人倪蜕于《滇云历年志》(卷二)(公元1737年)记载：“雍正七年己酉，总督鄂尔泰奏设总茶店于思茅，以通判司其事。六大山产茶，向系商民在彼地坐放收发，各贩於普洱，上纳税课转行，由来久矣。至是以商民盘剥生事，议设总茶店，以笼其利权。于是通判朱绣上议，将新旧商民悉行驱逐，逗遛复入者俱枷责押回。其茶令茶户尽数运至总店，领给价值，私相买卖者罪之。稽查严密，民甚难堪。又商贩先价后茶，通融得济，官民交易，缓急不通。且茶山之于思茅，自数十里至千余里不止，近者且有交收守候之苦，人役使费繁多，轻戥重秤，又所难免，然则百斤之价，得半而止矣。若夫远户，经月往来，小货零星无几，加以如前弊孔，能不空手而归? 小民生生之计，只有此茶，不以为资，又以为累。何况文官责之以贡茶，武官挟之以生息，则截其根，赭其山，是亦事之出于莫可如何者也。”

在雍正七年，云南总督鄂尔泰奏请朝庭，于思茅厅选址设立官办的茶叶总店，指派朱绣任通判之职，亲自掌管总茶店，对普洱茶实行专卖制，六大茶山所产之茶，茶农采制后需全数运交位于思茅的总茶店，待选办贡茶入贡后方分由民间贩卖。

雍正十二年(公元1734年)的官方文告《禁压买官茶告渝》中有“每年应办贡茶，系动公件银两，发交思茅通判承领办送”的文字，可知当时的普洱茶，虽产于六大茶山，但是集中于思茅集散，贡茶采办亦在思茅。

清朝以来，普洱茶进入一个历史的极盛期，清·阮福《普洱茶记》(公元1825年)谓之:“普洱茶名遍天下。味最酽，京师尤重之。”

这一时期，也是普洱茶花色品种与制作工艺高速发展的时期，清·张泓《滇南新语》(公元1755年)载：“滇茶有数种：生性者曰木邦，曰普洱。木邦叶粗味涩，亦作团，冒普茗名，以愚外贩，因其地相近也，而味自虐。普茶珍品，则有毛尖、芽茶、女儿之号。毛尖即雨前所采者，不作团，味淡香如荷，新色嫩绿可爱;芽茶较毛尖稍壮，采治成团，以二两四两为率，滇人重之;女儿茶亦芽茶之类，取于谷雨后，以一斤至十斤为一团，皆夷女采治，货银以积为奁资，故名。制抚例用三者充岁贡，其余粗普叶，皆散卖滇中。最粗者熬膏成饼摹印，备馈遗。而岁贡中亦有女儿茶膏。并进蕊珠茶，茶为禄丰山产，形如甘露子差小，非叶，特茶树之萌茁耳，可却热疾。”

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